La Junta Directiva de PLAFAM se encuentra constituida por nueve directores/as que son elegidos asegurándose de que su composición refleje la diversidad de las poblaciones que ella representa y sirva, basada en la equidad de género, sin discriminaciones en cuanto a edad, origen étnico, clase, identidad y orientación sexual.
Entre las funciones más relevantes de la Junta Directiva se encuentran:
- Establecer los objetivos, misión, áreas generales de trabajo y las actividades en general de la Asociación.
- Recolectar y disponer de los fondos de la Asociación.
- Realizar todas las gestiones que considere convenientes para la mejor defensa, protección y desarrollo de los intereses de la Asociación.
- Representar la Asociación por medio de su Presidente ante las entidades públicas o privadas.
- Establecer relaciones con otras organizaciones, particularmente con gobiernos, agencias internacionales incluyendo a la Federación Internacional de Planificacion Familiar (IPPF), organizaciones públicas, privadas y otras organizaciones voluntarias para promover los objetivos de la Asociación.